目前法醫實驗室用于基因組DNA定量最普遍的方法就是所謂的“斑點雜交”法。此方法對人類和其他靈長類DNA具有特異性，因為它的一段40bp的探針與靈長類特異的僅衛星DNA序列D1721互補，此序列位于17號染色體。斑點雜交法早期使用放射性探針，經修改和商業化后使用化學發光或比色檢測技術。
斑點雜交法首先是將基因組DNA點在尼龍膜上，然后加入人類特異性探針，比較樣品和一系列標準品的信號強度。斑點雜交是相對定量法，將已知濃度的樣品DNA進行梯度稀釋后得到一系列標準品，未知樣品與標準品比較得出未知樣品的濃度。由于斑點雜交膜上的未知樣品與標準品比對是用肉跟來辨別的，所以易受分析者的主觀影響。采用CCD照相圖像系統的數碼抓捕和斑點雜交圖像定量可以改善其分析過程。
通常，一張斑點雜交膜上可同時檢測30個樣品，待測樣品兩側分別加6—8個標準品用來比對。如20ng、10ng、5ng、2.5ng等。一般用于此定量實驗的DNA模板量是5ul。
此項檢測要耗費幾個小時來完成，但相當靈敏，因為它可檢測單鏈和雙鏈DNA，其檢測量低至約150pg或50個拷貝的人類基因組DNA。150pg標準DNA的X線膠片感光核檢測只需15分鐘。對于化學發光檢測法，通過延長X線膠片曝光時間和在膜上點更稀濃度的DNA標準品，可將靈敏度提高到150pg以下。有報道通過長達3個小時的曝光可檢測到10~20pg水平。一些法醫工作者甚至雜交檢測看不到結果時，繼續進行DNA分析，還經常能獲得成功的STR分型。所以，斑點雜交定量并不像期望的那樣靈敏。
在2004年初，ABI公司推出了商品化斑點雜交定量產品，稱為Quant-iBlot人類DNA定量試劑盒。這個試劑盒用17號染色體上的一段DNA探針檢測樣本中人類DNA濃度的水平。應切記此項技術雖是“人類特異性”檢驗，但對黑猩猩和大猩猩之類的靈長類動物也呈陽性，因人類和其余靈長類動物DNA序列存在相似性。
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