PCR擴(kuò)增STR等位基因的產(chǎn)物中包含著許多DNA分子，怎樣分離這些產(chǎn)物是具有挑戰(zhàn)性的問題。一個(gè)復(fù)合擴(kuò)增PCR反應(yīng)可以產(chǎn)生20個(gè)或更多的DNA片段，而這些片段必須要能彼此準(zhǔn)確地區(qū)分，包括那些僅有一個(gè)堿基差異的等位基因（例如THO1基因座上的等位基因9.3和10）。通常分離單堿基差異的DNA片段長度均在100至400bp之間。這些分離方法必須能使結(jié)果重現(xiàn)，并可在不同實(shí)驗(yàn)室間進(jìn)行比對，這是非常重要的。
為了區(qū)分不同的分子，需要一種能分離不同長度片段的技術(shù)。常用的分離方法即電泳，包括平板電泳和毛細(xì)管電泳。
對于短串連重復(fù)DNA的PCR產(chǎn)物，其分離方法必須能區(qū)分每一個(gè)等位基因。雜合性等位基因可以通過電泳分離不同長度的片段，倒如，平板電泳或毛細(xì)管電泳。
電泳( electrophoresis) -詞來源于希臘語electron和拉丁語phore，因?yàn)殡娪镜倪^程依賴于分子所攜帶的電荷。對于DNA而言，其磷酸根基團(tuán)帶有負(fù)電荷，而核酸之所以呈酸性也是因這些磷酸根基團(tuán)很容易釋放出氫離子，使核酸在絕大多數(shù)緩沖液中帶有負(fù)電荷。在電場作用下，DNA分子將離開陰極向陽極泳動(dòng)。電壓越高，DNA分子所受的電場力就越大，移動(dòng)速度也就越快。
離子在電場中的移動(dòng)會(huì)產(chǎn)生熱量，這些熱量必須要散發(fā)掉，否則會(huì)被系統(tǒng)吸收。過量的熱會(huì)使凝膠產(chǎn)生弧形的電泳譜帶，在一些特殊的情況中？凝膠也會(huì)融化和斷裂。正如本章結(jié)尾部分所討論，毛細(xì)管電泳之所以具有很強(qiáng)的優(yōu)越性，因?yàn)槊?xì)管具有較高的表面積與體積之比使散熱更為容易。
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