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多少個基因座可以在一個復合體系中擴增，取決于擴增產物檢測系統。目前常用檢測系統有銀染和熒光染料標記自動檢測系統。
（1）銀染系統 銀染法只根據各等位基因的片段大小來分析識別，這就要求組成復合擴增的各個基因座等位基因片段范圍沒有重疊。復合體系中基因座數目不宜多，一般為3-4個。
（2）多色熒光標記檢測系統 該檢測系統可以根據等位基因片段所帶的熒光顏色不同加一鑒別，即使等位基因片段長度范圍有重疊可以根據等位基因座，也可以采取不同的熒光染料標記，區分不同基因座的等位基因。因此這種復合體系可以有較多的基因座，如7基因座、8或10基因座復合擴增，甚至開發有16個基因座的復合擴增系統，明顯提高了檢測信息量。

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