在醫學上進行親子鑒定并非難事，關鍵是在訴訟中如何應用親子鑒定的問題。親子鑒定涉及婚姻、家庭、子女人身權利和財產權益，在訴訟中適用應貫徹的是穩定、謹慎之精神，其適用是有條件的，在法律沒有具體規定前提下，應嚴格掌握其適用原則。
(1)當事人意志因素制約原則。親子鑒定的首要條件是，由主張確認或否認親子關系的當事人提出鑒定申請。根據民事訴訟證據規則，提出主張的一方當事人應當舉證，但為保證親子鑒定結論的可靠性，往往由法院在訴訟過程中為當事人委托法定鑒定機構進行鑒定，但法院作為中立者不能為任何一方主動采集對一方有利的證據，因此，當事人不申請親子鑒定的，法院不依職權進行鑒定。
(2)保護婦女、兒童權益原則。對要求作親子鑒定的案件．應當從保護婦女、兒童合法權益，有利于增進團結利防止矛盾激化出發，區別情況，慎重對待。第一，當親子鑒定的適用可能影響子女或婦女合法權益而帶來不良后果時，一般不應適用：第二，在未婚男女、未婚男子（女子）與已婚女子（男子）發生性關系下所生子女因撫育費糾紛、賠償糾紛引起的親子關系確認案件中，任何一方要‘求均可準許；第三，因錯抱嬰兒、懷疑非自己所生嬰兒而拒絕從醫院抱領的，任何一方要求均可啟動親子鑒定程序。這些基于未成年人利益而申請親子鑒定無需考慮對方意志，這一點在司法實踐中已被貫徹。
(3)親子鑒定提起的時效限制原則。從國外立法看，《瑞士民法典》對該訴訟時效規定的最為完善：“夫在知悉生育及知悉本人并非子（女）之父或第三人在受胎期間與其同居的事實之后，得在一年的期限內起訴。超過出生后5年，訴權自行失效。”筆者認為，我國立法及司法實踐中應當借鑒上述規定進行處理。筆者建議，可以引人兩年時效制度，當得知或應當得知子女非自己親生之日起無正當理由兩年內不主張確認權利者，訴權自行消失。這樣，有利于保護婦女、兒童的合法權益，維護婚姻、家庭秩序的穩定。
上海上海親子鑒定中心親子鑒定中心是國家遺傳中心實驗室和科研實驗室的相結合。其軍區臨床遺傳學中心現有的先進設備及雄厚的技術力量建立起來的。司法鑒定所的成立標志著臨床遺傳學中心作為上海市一家專業司法鑒定機構，在上海市司法局的督導下，將為全社會及司法機關提供法醫物證鑒定工作，是司法親子鑒定行業的標桿。其科研實驗室是國內最早從事DNA鑒定工作者，向國內多家DNA鑒定實驗室輸送人才和建設DNA實驗。是DNA鑒定的領航者。
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