骨髓移植手術前的化療基本摧毀了受體原有的骨髓造血系統，骨髓移植成功后，經歷約1個月的時間，患者臨床癥狀逐步好轉，此時血液STR基因型發生改變，與供體一致，這是移植手術成功的一項觀察指標。這種改變不同于輸血，輸血2~3個月后，由于受體自身造血的補充，其血液里的異源DNA會逐漸消失且輸血一般不會造成受體上皮細胞基困型的改變。
在法醫實踐中，異型骨髓移植后患者外周血基因型改變或者嵌合體的形成，必然會對法醫學個體識別以及親子鑒定造成影響，有時會導致錯誤鑒定結論的發生。在多數情況下，尤其是在骨髓移植后的短時間內，受者外周血出現供者的微衛星類型，而受者的口腔黏膜細胞仍然為其原來的類型。因此，對于接受過骨髓移植手術的受檢者，采用口腔拭子作為樣本進行檢測分析優于血液樣本。但由于干細胞屬于早期未分化細胞，干細胞移植同樣會導致口腔上皮細胞基因型的轉變。如果采用口腔拭子作為樣本得到的檢驗結果出現與血樣相同或者出觀嵌合體時，可以選擇毛發作為檢驗樣本。
STR分析技術已經被廣泛地應用于法醫學個體識別及親子鑒定中，并且隨著該項技術的不斷突破，使得對包括血液、毛發、口腔上皮細胞及各種組織等不同部位檢驗樣本的選擇更具有多樣性和靈活性。與此同時，隨著采用外周血干細胞、臍血干細胞以及骨髓移植技術治療各種血液惡性疾病病例的逐年增加，對于這類術后病人的親子鑒定，不同部位檢驗樣本的選擇直接影響DNA鑒定結果的可信度。
因此，一般親子鑒定采集血樣的時候要求被鑒定者半年甚至一到兩年內沒有做過骨髓移植和輸血手術。如果有這些可能，建議采集口腔拭子作為親子鑒定的樣本。
